卷一至四是全书的附录，收入序言、凡例、目录、附图、引用书目、资料及一些医药基础理论等等。卷五以后是全书舷主体部分，李时珍把一千八百三十二种药物分为十六部：水部、火部、土部、金石部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部。每一部又分为若干类，共计六十类。其中植物一千九十五种，动物三百四十种，矿石三百五十七种。

    书中更有历代医家临床验方一万零九十六种，其中八千一百多个为新增，另附各种矿植物插图一千一百六十脑幅。右图为(本草纲目)中所附的动物化石图。

    在药物解说方面，本草纲目包括八个部分：第一、释名，罗列典籍中药物的异名，并解说诸名的由来；第二、集解，集录诸家对该药产地、形态、栽培、采集等的论述；第三、修治，介绍该药的炮制法和保存法；第四、气味，介绍该药的药性；第五、主治，列举该药所能治的主要病症；第六、发明，阐明药理或记录前人和自己的心得脏会；第七、正误，纠正过去本草书中的错误；第八、附方，介绍以药为主的各种验方及其主治。

    全书内容丰富，取材精审，编排有系统，为中国药物史证一大巨著。