爬行类头骨比较高，不同于迷齿两栖类那种通常的扁平形；顶骨以后的骨片有的变小，有的由头骨的顶盖部位移到了枕部，有的甚至完全消失。大多数爬行动物只有一个枕髁。

　　爬行动物的脊椎骨由一个大的椎侧体和一个缩小成小楔状的椎间体组成；比较进步的类型椎间体消失。原始的爬行类有两块荐椎骨，不同于两栖类的一块；而在许多进步的爬行动物当中，荐骨由好几块荐椎骨组成，有的类型增加到8块之多。肠骨也随着荐骨的扩大而扩大。原始的爬行类肋骨从头部到骨盆之间是连续的，而且大致相似；但是进步的爬行动物肋骨通常有颈肋、胸肋和腹肋之分。

　　迄今发现的最早的和最原始的爬行动物是二叠纪早期的杯龙类。从这样的基干出发，爬行类因其自身进化出来的繁殖方面的进步性而对当时的陆生环境异常适应，因此很快便爆发式的向各个进化方向分化开来。到了从三叠纪初至白垩纪末的中生代，形形色色的爬行动物几乎占领了地球上的所有陆地生态环境；并且，其中的一些类群还重新回到水域当中成为水域的霸主；还有一支爬行动物则飞上了天空。因此说，中生代是爬行动物的时代。

　　根据头骨颞部的发育情况，即颞孔的发育与变化关系，可以将爬行类（纲）分成四个亚纲，即缺弓亚纲、单弓亚纲、阔弓亚纲和双弓亚纲。

 
各种爬行动物的颞孔
 
　　那么，什么是颞孔呢？还是让我们先来观察一下杯龙类的头骨。杯龙类的头骨与迷齿类祖先相似，顶盖均为坚实的结构，其上的开孔只有鼻孔、眼眶和松果孔。后来，随着爬行动物的进化发展，眼眶后面的颅顶通常有附加的孔出现，这就是颞孔。颞孔的作用是容纳强大的颌肌，因此，颞孔的有无、数目和位置决定了该动物的噬咬方式，也就间接地影响到动物的许多行为和生理特征。所以，以颞孔的发育与变化情况作为爬行类内部分类的重要依据是很科学的。

　　有些爬行动物，其眼眶之后的颅顶部分只有一个颞孔；另一些种类，在头骨的侧面有一个孔。还有一些爬行动物有两个颞孔，一个在颅盖的顶部，另一个在侧面。上边的孔，即上颞孔，以眶后骨及鳞骨为其腹界；而侧颞孔以眶后骨和鳞骨为其背界。两个颞孔并存时，则由眶后骨及鳞骨将其分隔开。爬行动物的四个亚纲就是根据颞孔的有无和变化关系划分出来的。在此基础上，再依据其它特征，爬行动物就可以被分为更细的一级级分类阶元。